改理藩院为理藩部，理由是“各国竞争，殖民为要，蒙、藏、青海，固圉防边，其行政事宜实与各部并重，故易理藩院为理藩部”；
改户部为民部，理由是“户部之称，本为民部，唐人避李世民讳，以户易民”。
而“清厘户口、整齐民风、改正市区、振兴土木、保安巡警等事务息息相关，非合为1官，难期联络。故以户、礼、工各部所兼管之户籍、风教、道路、沟渠等事并入，总为民部”；
改刑部为“法部”，“着派刑名专家，将1切现行律例，按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟议。务期中外通行，有裨治理”；
增设“度支部”，理由是“民政既有专官，财政自应独立，故并户部财政处，为度支部”；
增设“商部”，因为“习兵战需先习商战”，“大清不重商务，而士、农、工、商又各自为谋，虽屡为外人、粤匪所欺，尚不知富强之术”。
商部主管农工商，此3者为“富国之本源，各国皆设专部。中国农工诸学尚未讲求，故将农工之事暂归商部，以后再议增设”；
增设“学部”，统辖各省学堂，使全国学制划1整齐；
……
为加强集权，决定在各地各级官府设置分部门。譬如，学部成立后，各省改学政为“提学使司”，府、州、县设立“劝学所”，作为地方教育的行政机关。
至于铁路、电报、开矿、造船等具体洋务事业，包括与洋人交涉，交由北洋大臣统1经办。第1任北洋大臣，由满人文祥担任。
最重要的是编练新军，则另设1员钦差，以“钦派练兵大臣”为名义主持其事。第1任练兵大臣，由6额附、1等诚嘉毅勇公景寿充任。肃党骨干、刑部侍郎陈孚恩，担任“会办练兵大臣”，主持实际事务。
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