这样一来，从士兵到最高统帅，津贴变化不大，官兵在经济上趋于平等。士兵津贴一两银子，与最普通的绿营兵相当。
但黑旗军的伙食、衣服等费用都由公费开支，官兵家眷也都由后勤部统一供养。官兵的津贴成了纯收入，实际收入比绿营士兵略高一些。
除了津贴，黑旗军军官在衣、食、住、行上都与士兵保持一致。士兵吃什么，军官就吃什么。行军宿营，军官与士兵一样挤在大通铺里。所有人不得乘轿，不得吸食鸦片。
黑旗军官兵在政治上也是平等的。军官不得打骂体罚士兵，上级军官对下级军官亦不能打骂体罚。官兵犯有错误，主要通过两种途径制裁：
情节严重的，军法论处。犯多大的错，治多大的罪，由军法处独立裁判；情节较轻的，批评教育。上级不能徇私包庇下级，下级亦不及诬告上级，凡事以军法为准绳。
士兵有功，可以提拔为士官，士官可以逐级晋升为士官长。士官长辅助连长、营长管理部队，在基层部队有着不容忽视的影响力。
特别优秀的士兵，可以破格提拔为军官。譬如李秀成的侄子李世贤，才加入黑旗军不久，却因表现优异，被提拔为排长。
士兵提升为军官，通常离开原来的连队，到其他营连任职。李世贤原是近卫连的战士，超拔为排长后，到步兵一团任职。
四、发扬军事民主。
华夏传统军队，通常由主帅独断专行。这可以提高工作效率，却不利于集思广益。主帅一旦犯错，轻则损兵折将，重则危及战局。此外，主帅专断，容易把持兵权，尾大不掉。
清朝为了把控兵权，通常由中枢简派钦差大臣，从各省抽调军队，交由钦差大臣临时指挥。皇帝通过军机处，遥控战局。
这种指挥体制已经完全落伍，早在第一次鸦片战争中便暴露出无数弊端。太平军兴，清廷不思进取，仍然沿用这种落后的指挥体制。
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