后勤处下设军需科、军械科、弹药科等部门。首长称处长，副团长薛昊兼任后勤处长。
华夏传统军队大多在部队之外设营务处、粮台两大机关。营务处相当于部队参谋机关，粮台相当于后勤机关，负责为部队供应粮饷。
黑旗军的司令部额外增加一个人事机关，把指挥、人事、后勤机关统归在一起，以便最大限度地提高效率。
司令部以下，有营、连、排、班四级编制。其中，班有十人，由班长统之。排有三十人，由排长统之。连有一百二十人，由连长统之。营有五百人，由营长统之。
大致上，每级部队下辖三个主力分队。譬如，一个步兵团下辖三个步兵营，一营下辖三连，一连下辖三班。
班为最低一级编制单位。班长由士兵担任，称士官。排长以上始为军官。
黑旗军暂编一个步兵团，下辖近卫连、骑兵连、火器营、工兵连、一营、二营、三营、水营，另有斥候、军医等少量直属部队。
为了安抚各种派系的人，为了避免人心波动，杨烜煞费苦心，精心安排人事。
近卫连负责保卫司令部，职责重要，由杨烜的亲兵徐作新担任连长。
杨烜亲自兼任火器营营长，部属从各部精挑细选而来。副营长名叫周锦年，原是至臻堂里的“先锋”。周锦年懂铸炮，参加过鸦片战争，当过民团炮手，为人颇有胆识。
一营营长为杨田，部属主要为两百个老弱至臻堂“草鞋”、三水县新兵。一营算是杨烜嫡系部队，虽然人多，不是新兵就是老弱病残。
杨烜不像殷正那样厚此薄彼。他把弱兵安排为自己的嫡系，颇能显出他的大度，使他更得人心。
二营营长为刘旻虎，部属主要是两百个至臻堂精锐。
三营营长为张运贤，部属主要是三百个至臻堂“草鞋”。这部分至臻堂会众既非精锐，也非老弱。
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